Zur Einführung des Emissionshandels waren die meisten Anlagen sehr gut mit kostenlosen Zertifikaten ausgestattet. Im Laufe der Zeit wurde der Mechanismus zur Vergabe kostenloser Emissionsberechtigungen immer weiter optimiert. Während man in den ersten beiden Handelsperioden (2005 – 2007 und 2008 – 2012) die kostenlose Zuteilung anhand historischer Emissionen festlegte, erfolgte dies ab der dritten Handelsperiode (2013 – 2020) anhand von Benchmarks, die von den effizientesten Anlagen des Tätigkeitsbereiches bestimmt wurden. Außerdem erhalten Energieanlagen, die ausschließlich der Stromerzeugung dienen, seit 2013 keine kostenlosen Zertifikate mehr. Ab 2030 sollen keinerlei Zertifikate mehr kostenlos zur Verfügung gestellt werden.
Dies spiegelt sich auch deutlich in der Gegenüberstellung zwischen Emissionen und kostenlos zugeteilten Zertifikaten wider. Ein zu hoher Ausstattungsgrad für eine effektive Wirkung des Emissionshandel in der ersten Handelsperiode, der basierend auf den Erkenntnissen dieser Periode in den Jahren 2008 – 2012 bereits sank. Ab 2013, wo die kostenlose Zuteilung für Energieanlagen drastisch eingeengt wurde, übersteigen die Emissionen deutlich die Menge der kostenlos zugeteilten Zertifikate.
Zertifikate, die den Energieanlagen fehlen, um ihre verursachten Emissionen auszugleichen müssen im Handel zwischen den emissionshandelspflichtigen Unternehmen bzw. durch Ersteigerung an der EEX in Leipzig erworben werden.